一般システム理論（英:general systems theory）は、1950年代に科学者ルートヴィヒ・フォン・ベルタランフィ、アナトール・ラポポート(Anatol Rapoport)、ケネス・E・ボールディング、ウィリアム・ロス・アシュビー、マーガレット・ミード、グレゴリー・ベイトソンらによってメイシー会議の議論の中で提唱された科学理論である。この理論は、電子回路やコンピュータなどの人工物、生物の身体、社会集団など、ミクロからマクロまで様々な現象はシステムとしてとらえることができる。これら多様なシステムに適用可能な一般理論を構築しようとするものである。
システム理論の学際的な役割は、存在論、科学哲学、物理学、生物学そして工学から、理論的な原則を集める事である。用途は地理学、社会システム科学、政治学、組織論、マネジメント、心理療法（家族治療を含む）と経済学その他を含めて多数の分野で見いだされる。
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一般システム理論によれば、システムとは以下のようなものである。
システムは互いに作用している要素からなるものである。
システムは部分に還元することができない。
システムは目的に向かって動いている。
ひとつのシステムの中には独特の構造を持った複数の下位システムが存在する。
下位システムは相互に作用しあいながら調和し、全体としてまとまった存在をなしている。
一般システム理論は、早くから研究者が組織や相互依存の関係を述べる為に使われていた学名であった。部分から部分の組織まで；「構成要素」から「動的関係」まで移行する[1]という点で、このシステムの考えは古典的な還元主義（その主題として一つの部分を持っている）の見地と対照的である。システムは、規則的に相互作用するか、あるいは、一緒になるとき、新しい全体を構成する活動／部分のグループを相互に関係づけられ構成される。ほとんどの場合、この全ては構成要素に見いだされることができない特性を持っている。
ルートヴィヒ・フォン・ベルタランフィ財団の文章の中で、一般システム理論のシステムの構想は、1600年代のゴットフリート・ライプニッツやニコラウス・クザーヌスの哲学や彼の対立者の一致（Coincidentia Oppositorum）からたどる事が出来る。複雑さ、自己組織化、結合説、適応システムといった議題は、既にノーバート・ウィーナーやウィリアム・ロス・アシュビー、ジョン・フォン・ノイマンとハインツ・フォン・フェルスターのような研究者を通して1940年代から1950年代に、人工頭脳学に近い分野で研究されていた。彼らは、最新の道具を用いず、鉛筆、紙、計算を用いて複雑なシステムを調べたという。